Comment un variant du SRAS-CoV-2 sacrifie la liaison étroite pour l’évasion des anticorps – Technoguide

La variante hautement infectieuse du SRAS-CoV-2 qui a récemment émergé en Afrique du Sud, connue sous le nom de B.1.351, amène les scientifiques à se demander comment les vaccins et thérapies COVID-19 existants peuvent être améliorés pour assurer une forte protection. Maintenant, des chercheurs rapportant dans le Journal of Medicinal Chemistry de l’ACS ont utilisé la modélisation informatique pour révéler que l’une des trois mutations qui rendent le variant B.1.351 différent du SARS-CoV-2 original réduit la liaison du virus aux cellules humaines – mais potentiellement lui permet d’échapper à certains anticorps.

Depuis que le SARS-CoV-2 original a été détecté pour la première fois à la fin de 2019, plusieurs nouvelles variantes sont apparues, y compris celles du Royaume-Uni, d’Afrique du Sud et du Brésil. Parce que les nouvelles variantes semblent être plus hautement transmissibles, et donc se propager rapidement, de nombreuses personnes craignent qu’elles ne compromettent les vaccins actuels, les thérapies par anticorps ou l’immunité naturelle. La variante B.1.351 porte deux mutations (N501Y et E484K) qui peuvent améliorer la liaison entre le domaine de liaison au récepteur (RBD) de la protéine de pointe de coronavirus et le récepteur ACE2 humain. Cependant, la troisième mutation (K417N; une mutation de la lysine à l’asparagine en position 417) est déroutante car elle éradique une interaction favorable entre la RBD et l’ACE2. Par conséquent, Binquan Luan et Tien Huynh d’IBM Research ont voulu étudier les avantages potentiels de la mutation K417N qui aurait pu faire évoluer le coronavirus le long de cette voie.

Les chercheurs ont utilisé des simulations de dynamique moléculaire pour analyser les conséquences de la mutation K417N dans la variante B.1.351. Premièrement, ils ont modélisé la liaison entre le SARS-CoV-2 RBD original et l’ACE2, et entre le RBD et le CB6, qui est un anticorps neutralisant le SARS-CoV-2 isolé d’un patient COVID-19 récupéré. Ils ont découvert que l’acide aminé d’origine, une lysine, en position 417 dans la RBD, interagissait plus fortement avec CB6 qu’avec ACE2, ce qui correspond à l’efficacité thérapeutique de l’anticorps dans des modèles animaux. Ensuite, l’équipe a modélisé la liaison avec la variante K417N, qui transforme cette lysine en asparagine. Bien que cette mutation ait réduit la force de liaison entre le RBD et l’ACE2, elle a diminué la liaison de la RBD à CB6 et à plusieurs autres anticorps humains dans une bien plus grande mesure. Ainsi, le variant B.1.351 semble avoir sacrifié la liaison étroite à ACE2 à ce site pour la capacité à échapper au système immunitaire. Ces informations pourraient s’avérer utiles pour les scientifiques alors qu’ils travaillent pour améliorer la protection des vaccins et thérapies actuels, affirment les chercheurs.

Source de l’histoire:

Matériel fourni par l’American Chemical Society. Remarque: le contenu peut être modifié pour le style et la longueur.

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