Un nouveau modèle capture des molécules de glycane dont les mouvements protègent une grande partie du pic des défenses immunitaires – Technoguide

Un nouveau modèle détaillé de la surface de la protéine de pointe du SRAS-CoV-2 révèle des vulnérabilités jusqu’alors inconnues qui pourraient informer le développement de vaccins. Mateusz Sikora de l’Institut Max Planck de biophysique à Francfort, en Allemagne, et ses collègues présentent ces résultats dans la revue en libre accès PLOS Computational Biology.

Le SRAS-CoV-2 est le virus responsable de la pandémie de COVID-19. Une caractéristique clé du SRAS-CoV-2 est sa protéine de pointe, qui s’étend de sa surface et lui permet de cibler et d’infecter les cellules humaines. Des recherches approfondies ont abouti à des modèles statiques détaillés de la protéine de pointe, mais ces modèles ne capturent pas la flexibilité de la protéine de pointe elle-même ni les mouvements des glycanes protecteurs – chaînes de molécules de sucre – qui l’enrobent.

Pour soutenir le développement de vaccins, Sikora et ses collègues ont cherché à identifier de nouveaux sites cibles potentiels à la surface de la protéine de pointe. Pour ce faire, ils ont développé des simulations de dynamique moléculaire qui capturent la structure complète de la protéine de pointe et ses mouvements dans un environnement réaliste.

Ces simulations montrent que les glycanes sur la protéine de pointe agissent comme un bouclier dynamique qui aide le virus à échapper au système immunitaire humain. Semblables aux essuie-glaces de voiture, les glycanes couvrent presque toute la surface de la pointe en basculant d’avant en arrière, même si leur couverture est minimale à un instant donné.

En combinant les simulations de protéines de pointe dynamiques avec une analyse bioinformatique, les chercheurs ont identifié des taches à la surface des protéines de pointe qui sont les moins protégées par les boucliers de glycane. Certains des sites détectés ont été identifiés lors de recherches antérieures, mais certains sont nouveaux. La vulnérabilité de bon nombre de ces nouveaux sites a été confirmée par d’autres groupes de recherche dans des expériences de laboratoire ultérieures.

«Nous sommes dans une phase de pandémie entraînée par l’émergence de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2, avec des mutations concentrées en particulier dans la protéine de pointe», déclare Sikora. “Notre approche peut soutenir la conception de vaccins et d’anticorps thérapeutiques, en particulier lorsque les méthodes établies ont du mal.”

La méthode développée pour cette étude pourrait également être appliquée pour identifier les vulnérabilités potentielles d’autres protéines virales.

Source de l’histoire:

Matériel fourni par PLOS. Remarque: le contenu peut être modifié pour le style et la longueur.

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